Panama ligger i Mellanamerika och har kust såväl mot Karibiska havet som Stilla havet. Närheten till havet tillsammans med det faktum att landet inte ligger särskilt långt ifrån ekvatorn gör att klimatet i Panama är tropiskt. Ett tropiskt klimat innebär höga temperaturer året om och en relativt hög luftfuktighet. Vädret skiljer sig dock inte särskilt mycket mellan årstider eller mellan regioner i landet. Regnperioden, april–december, medför dock en hel del regniga dagar, men det är sällan så att regnet vräker ner i flera dagar utan uppehåll.
Trots det relativt homogena klimatet finns ändå ett antal klimatzoner i Panama. Det är främst höjdskillnader och skillnader i nederbördsmängder som avgör klimatzonernas indelning. På den karibiska sidan av landet är nederbörden rikligare än på den sida av landet som vetter mot Stilla havet. Vill man undvika regn så mycket som möjligt är det alltså landets södra delar man ska besöka. I landets västra delar, i bergskedjan Cordillera de Talamanca, råder ett något kyligare klimat. Här kan man ibland uppleva nätter med frost.
Det tropiska klimatet medför att Panama har en rik flora och fauna. Landet är till stora delar täckt av skog. Dessutom ligger mangroveträsk ligger på rad vid kustlinjerna. Denna miljö gör att Panama är ett paradis för exotiska fåglar och andra djur.
I huvudstaden Panama City ligger temperaturen mellan 20–30 grader året om och det är inte ofta temperaturen stiger över 35 grader. Panama City är också relativt förskonat från större nederbördsmängder.